Povodně v roce 2009 měly převážně lokální charakter. Velká voda ukázala svoji ničivou sílu koncem června a na severní Moravě a ve Slezku, v menším rozsahu také počátkem července v severních a v jižních Čechách.

Do pomoci obětem se zapojily dle svých možností jednotlivé místní Charity a to v součinnosti s ostatními složkami Integrovaného záchranného systému, jehož je Charita ČR součástí.

Charity poskytly v zasažených obcích vysoušeče (čtyři desítky vysoušečů zapůjčila na Moravu například Diecézní charita Litoměřice), materiální pomoc (zejména úklidové, dezinfekční a hygienické prostředky, deky, rukavice, pytle apod.) a posléze také finanční pomoc rodinám, zejména těm, které by složitou situaci samy nedokázaly zvládnout. Podkladem k posouzení a udělení příspěvku bylo podrobné sociální šetření v zasažených místech, kterého charitní týmy také prováděly. Charita nabídla a vypravila týmy dobrovolníků a také psychosociální pomoc vlastní linky důvěry.

Na charitní sbírkové konto na pomoc postiženým přispěli dárci Charitě ČR v krátké době částkou 11,8 milionu korun. Z výtěžku sbírky byly pořízeny úklidové prostředky, poskytnuty příspěvky domácnostem, ale také jiné potřebné věci: Charita Javorník financovala stavbu dřevěného mostu k domu v obci Uhelná, kde žijí dvě osoby se sníženou pohyblivostí (most z příspěvku Charity ve výši 25 tisíc korun postavili za necelé dva dny vojáci Armády ČR).
Do úklidových prací se zapojili také někteří klienti, například z azylového Domu sv. Petra pro muže v Záblatí, který provozuje Farní charita Prachatice.